Розділ "Хімія. Молекулярна фізика "присвячений ознайомленню дітей з будовою речовин, поняттям хімічних реакцій. Діти вивчать реакції полімеризації, горіння, дізнаються, що таке кристали, як харчуються рослини і багато іншого. Розділ складається з 8 тематичних модулів.